管委会综合档案室建于2004年12月，由管委会党政办公室分管。目前，综合档案室各种门类档案齐全，主要有十大类档案：文书档案、照片档案、会计档案、声像档案、实物档案、专业档案、专题档案、电子档案、科技档案与行政审批档案。其中会计档案包括4个子类，专业档案包括3个子类，截至2021年12月，综合档案室有文书档案（纸质）12788件，其中永久3543件、长期（或30年）3286件，短期（10年）5959件；会计档案1383卷，业务档案（纸质）1607卷；有其他载体档案(特种载体档案) 978件。文书档案、业务档案永久、长期（或30年）纸质档案已全部数字化。管委会综合档案室于2018年2月通过浙江省规范化数字档案室测评；2019年4月通过省三级规范化档案室认定。